Ну хоть бы конфигурацию привел, что-ли... А вообще посмотри, что у тебя в автозагрузке стоит, может висит там что-то не то... Посмотри, в каком режиме работает винт.
P.S. У меня Win2k в свое время грузилась за 35с полностью от первого экрана и до последнего вздоха винта...