Ну положим таких прог немеряно, как у крупных производителей софта, так и у мелких. Главное, чтобы прога работала в резидентном режиме и контролировала процесс инсталляции и деинсталляции. А при удалении чего-либо могла предупредить что это можно удалить без всякой опаски, это под вопросом, а это вообще не рекомендуется, т.е. на свой страх и риск. Ну и отслеживала изменения реестра (делала резервные копии изменяемых разделов или ещё как???). Раньше у Symantec была прога CleanSweep, которую она (корпорация) купила ещё у кого-то. Сейчас сия прога вроде как в составе SystemWorks (под названием GoBack). Народ также хвалил Ashampoo UnInstaller. Ну и есть радикальные меры (предложил Night Angel). Т. е. делаешь полный откат к тому конфигу который тебе больше всего понравился.
Добавлено автором
Тьфу, забыл... Полезная ссылка:
http://www.alnini.com/Uninstallers/sc-1901-1-1.html